The frequency matrix for site selection SRF sites...

 40.2  2.0  1.0 10.0  0.0  0.0 40.0  4.0 46.0  0.0 45.0 25.0  0.0  0.0
  1.2  0.0  0.0 34.0 46.0 46.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0
  1.2  0.0 42.0  1.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0 46.0 46.0
  3.2 44.0  3.0  1.0  0.0  0.0  6.0 42.0  0.0 46.0  1.0 21.0  0.0  0.0

    a    t    g    c    c    c    a    t    a    t    a    a    g    g

The resulting weight matrix...


  1.67 -1.83 -2.29 -0.17 -2.96 -2.96  1.67 -1.21  1.86 -2.96  1.83  1.02 -2.96 -2.96
 -2.18 -2.96 -2.96  1.44  1.86  1.86 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96
 -2.18 -2.96  1.73 -2.29 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96 -2.96  1.86  1.86
 -1.43  1.80 -1.49 -2.29 -2.96 -2.96 -0.77  1.73 -2.96  1.86 -2.29  0.79 -2.96 -2.96




The frequency matrix was generated by aligning the SRF sites 
within the following list using a Gibbs sampling algorithim.  


 
>
GAGCACATCATTGCCCATATATGGAA
>
TTCTAATGCCCATATATGGACTTGCT
>
ATGCCCATATATGGCAATAGGTGTTT
>
ATCAGACCCACCATGCCCATATATGG
>
ATGCCCATATATGGCAATAGGTGTTT
>
ATGCCCATATATGGCAGTAGGTGCTT
>
GTCCTTTATGCCCATATATGGTCATT
>
TACAGTAAGCCCATATATGGTAGTGT
>
TTGTAATGCCCATATATGGACTTGCT
>
TCCCGAGTGCCCATATATGGTCATA
>
TGAACATTGCCCATATATGGTGCGTC
>
AATGACCATATATGGACATAAAGAAA
>
CGGATTGACCATATATGGAATTGAGT
>
TGACCATATATGGTGATAACTGGAT
>
TGCATGACCATATATGGAAGCATGC
>
TCATATGACCATATATGGATATGTGT
>
ATACCATATATGGTATTGTGTCAACT
>
TATGCCCATATAAGGCGCCACTACCC
>
GTAAGACGCCGATGCCCATATAAGG
>
GTTCCCAGCATGCCCATATAAGGACA
>
CTTATGCCCATATAAGGTTTCTAAGG
>
AGTCATAATCATGCCCATATAAGGCG
>
TATGCCCATATAAGGTGCGTTATTGT
>
TTGTGCCCATATAAGGTAATGGTTAG
>
TGGGCTGAGCATGCCCATATAAGGCG
>
TAAAAGTAATGCCCATATAAGGGTGT
>
TGCGGGTACTGCCCATATAAGGTCAT
>
TAGACTTAATGCCCATATAAGGGATGT
>
CTAAGTTCCGTTGATGCCCATATAAGG
>
ACACATGCCCATATAAGGTAGTGTGA
>
TGCAAATAATTTATGCCCATATAAGG
>
CAGATGACCATATAAGGAGAAGGTTG
>
GTATGACCATATAAGGAAGTAAAGA
>
GTACATCATACCCATATAAGGAAACT
>
TTGTGCATTACCATATAAGGTGCGGT
>
TTCACATGCCCTTATAAGGTACGTTT
>
GAAATGCCCTTATAAGGACGTACCTT
>
TATGCCCTTATAAGGACTGAATTTGA
>
ATTTATGAACATGCCCTTATAAGGAC
>
ATGTCCTTATAAGGAGTGTGTATCAT
>
ACCTTATAAGGCAATAATCAGAACAC
>
TTTCCATATGCCCAAATATGGGGCTC
>
ATGCCCAAATATGGTCATCACCTACA
>
TATAATGCCCATATTTGGTGTTTTTT
>
ACACCATGCCCAAATATGGTATGCTC
>
TAATACTGCAATGCCCAAATAAGGAG